Los órganos de Gobierno de la Mancomunidad son la Junta, Presidencia, y la Vicepresidencia.
En la Junta de la Mancomunidad están representados los tres Ayuntamientos que la integran y está formado por 9 miembros, que son los representantes de las agrupaciones de concejales/as de los tres Municipios mancomunados, así como los tres alcaldes. De entre esos nueve miembros se eligen los cargos de Presidente/a y Vicepresidente/a
Actualmente la composición de la Junta es la siguiente:
Presidenta:
- SARA IZQUIERDO REAL , del Ayuntamiento de Santillana del Mar (PRC)
Alcaldes:
- AGUSTIN MOLLEDA GUTIERREZ, Alcalde del Ayto. de Cartes (PSOE)
- PABLO DIESTRO EGUREN, Alcalde del Ayto. de Reocín (PRC)
- ÁNGEL RODRÍGUEZ UZQUIZA, Alcalde del Ayto. de Santillana del Mar (PSOE)
Vocales designados del PSOE:
- NURIA ALDA CASTRO del Ayto. de Santillana del Mar
- LIDIA TERAN ANDRÉS del Ayuntamiento de Reocín
- Mª LORENA CUETO CUESTA, del Ayuntamiento de Cartes
Vocales designados del PRC:
- SARA IQUIERDO REAL, del Ayuntamiento de Santillana del Mar
- AMADOR DÍAZ FERNANDEZ, del Ayto. de Cartes
Vocales designados del PP:
- COVADONGA FERNANDEZ LLERA, del Ayto. de Cartes
Su mandato es de cuatro años, coincidente con el previsto legalmente para el cargo de concejal/a, pudiendo optar a la reelección.
El puesto de trabajo de Secretario-Interventor de la Mancomunidad, lo ejerce en acumulación el Secretario del Ayuntamiento de Santillana del Mar.
La Junta de la Mancomunidad se reúne en sesión ordinaria cada tres meses, en los meses de marzo, junio, septiembre y diciembre para tratar los asuntos correspondientes y, con carácter extraordinario, cuando haya algún asunto que así lo requiera.